Limbah pertanian selama ini merupakan masalah umum didaerah pedesaan dan sering menimbulkan permasalahan karena menjadi salah satu penyebab pencemaran lingkungan. Hal tersebut disebabkan karena kurangnya sosialisasi tentang pemanfaatan limbah pertanian. Bisaanya, limbah pertanian hanya di tumpuk dan dibakar begitu saja walaupun sebagian petani menggunakannya sebagai bahan baku pembuatan dedak. Salah satu solusi tentang permasalahan tersebut adalah memanfaatkan limbah pertanian untuk pertanian, dimana limbah tersebut digunakan sebagai bahan baku pembuatan pupuk organik.
Permintaan pupuk organik juga semakin meningkat, namun di lapangan terkendala dengan ketersediaan dan kontinuitas produksinya. Karena kecendrungan petani untuk ”back to the nature” tersebut, maka perlu didukung pemakaian pupuk organik untuk meningkatkan produktifitas hasil yang tinggi, harga yang murah serta ramah lingkungan (Purbayu B.S, 2005).
Walaupun teknologi pengolahan pupuk organik berskala besar dan modern telah lama ada, namun tingginya harga produksi dan investasi awal yang besar menjadi kendala untuk industri kecil. Proses pengolahan pupuk organik jenis pupuk bokasi umumnya dilakukan oleh industri kecil pedesaan (industri rumah tangga) dengan cara manual, sehingga untuk memperoleh kapasitas produksi maksimum cukup sulit, serta tidak efisien.
Secara spesifik persoalan pertama yang ditemui adalah pencampuran bahan baku secara manual yang dikerjakan di udara terbuka sehingga menguras tenaga dan menimbulkan aroma yang tidak sedap bagi pekerja. Kedua adalah wadah yang digunakan untuk proses fermentasi sangat sederhana sehingga tidak efisisen. Ketiga, kontrol temperatur yang dilakukan dengan cara manual membutuhkan rutinitas yang tinggi bagi pekerja, siang dan malam agar temperatur standar terbentuknya pupuk bokasi yang berkualitas dapat tercapai, itupun tidak efektif. Masalah keempat, lingkungan kerja yang tidak sehat dan kotor karena dilakukan di udara terbuka. Misalnya penggunaan sekop dan alat sederhana lainnya untuk mencampur bahan baku dalam suatu bak terbuka, proses fermentasi yang dikerjakan pada lantai tidak permanen dengan membuat gundukan yang ditutupi lembaran karung.
Dengan adanya masalah tersebut di atas proses bioorganisme menjadi tidak sempurna, produk menjadi basah dan busuk dikarenakan temperatur yang tidak terkontrol. Hasil yang diperoleh tentunya jauh dari harapan, kualitas pupuk bokasi juga tidak optimal.