Tanaman kelor mengandung komponen makro seperti karbohidrat, lemak dan protein. Pektin termasuk dalam golongan karbohidrat kompleks. Ekstraksi pektin biasanya menggunakan metode konvensional , namun pemilihan ekstraksi metode konvensional dengan penggunaan suhu tinggi dapat menyebabkan kualitas pektin menurun serta membutuhkan waktu yang cukup lama. Pemisahan pektin dari jaringan tanaman juga dapat dilakukan dengan metode sonikasi. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui pengaruh ekstraksi sonikasi terhadap rendemen pektin yang diperoleh dan mengetahui kondisi optimum ekstraksi sonikasi dengan variasi waktu ekstraksi dan konsentrasi pelarut. Metode yang digunakan dalam penelitian kali ini yakni metode eksperimen di Laboratorium Kimia Organik Teknik Kimia Politeknik Negeri Ujung Pandang. Berdasarkan hasil penelitian diperoleh rendemen pektin dengan menggunakan pelarut HCl 0.5M selama 45 menit pada metode konvensional sebesar 2.1% sedangkan pada metode sonikasi sebesar 7.18%. Pada variasi konsentrasi pelarut dan waktu ekstraksi diperoleh rendemen pektin tertinggi pada pelarut HCl 0.5 M dan waktu 45 menit sebesar 7.18%. Kualitas pektin terbaik diperoleh dari variasi pelarut HCl 2 M selama 60 menit dengan kadar metoksil 2.06, kadar galakturonat 36.15%, derajat esterifikasi 32.35%, kadar abu 8.03 % dan kadar air 5.52%. Berdasarkan hasil FTIR diperoleh gugus OH pada bilangan gelombang 3440.05 Cm-1, Ulur CH3 2922.25 Cm-1, -C=O 1647.26 Cm-1, Ulur –C-H 1371.63 Cm-1, dan -O- (Ester) 1101.39 Cm-1 hasil yang diperoleh sesuai dengan range bilangan gelombang pada pektin standar. Oleh karena itu, dapat disimpulkan