Pengukuran kinerja organisasi sektor publik berdasar pada tujuan utama organisasi yaitu untuk mencapai kepuasan pelanggan serta berdasar pada aturan yang ditetapkan Pemerintah. RSUD Labuang Baji Makassar menggunakan LAKIP sebagai bentuk akuntabilitas rumah sakit berdasarkan aturan Pemerintah dan juga menggunakan Balanced Scorecard sebagai bentuk pengukuran kinerja BLUD yang lebih komprehensif. Namun belum adanya aturan pemerintah tentang Penerapan BSC mengakibatkan tidak adanya standar penyusunan maupun pelaksanaan BSC. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengetahui: 1) Sistem pengukuran kinerja saat ini, 2) Penerapan BSC, dan 3) Perbedaan pengukuran kinerja menggunakan LAKIP dan BSC. Penelitian ini merupakan penelitian lapangan dengan teknik analisis data yang digunakan yaitu analisis kualitatif dengan pendekatan studi kasus.
Berdasarkan hasil penelitian dikertahui bahwa 1) RSUD Labuang Baji Makassar menggunakan LAKIP sebagai alat pengukuran kinerja saat ini berdasarkan Inpres No. 7 Tahun 1999 dan menghasilkan capaian kinerja sebesar 92% kategori Sangat Baik dan dengan tingkat ekonomis sebesar 139% dengan kategori Ekonomis. Akan tetapi, terdapat dua program yang belum optimal yang mencakup Program Pengembangan Kapasitas Organisasi dan Tata Laksana BLUD karena target pendapatan yang tidak tercapai serta Program Peningkatan Kapasitas Kinerja SKPD karena adanya kegiatan menu di DPA tahun 2016 tidak sesuai dengan juknis pelaksanaan mata anggaran DAK tahun 2016. 2) Penerapan BSC dalam RSUD Labuang Baji Makassar digunakan sebagai alat pengukuran kinerja yang dijabarkan dalam RBA Tahun 2016 serta sebagai alat untuk menetapkan sasaran strategis tahun berikutnya. BSC tersebut terdiri 35 KPI yang dijabarkan dalam empat perspektif dengan hasil: Perspektif Pelanggan kategori Cukup Baik; Perspektif Proses Bisnis Internal kategori Cukup Baik; Perspektif Pertumbuhan dan Pembelajaran kategori Cukup Baik; serta Perspektif Keuangan kategori Baik. Akan tetapi pengukuran kinerja ini belum optimal karena terdapat beberapa KPI yang tidak diukur serta penetapan target yang terlalu tinggi pada beberapa KPI. 3) Perbedaan pengukuran kinerja menggunakan LAKIP dan BSC terlihat dari sasaran yang ditetapkan. Akan tetapi maksud dari sasaran dalam LAKIP pada dasarnya sama dengan maksud dari sasaran dalam BSC, namun dengan indikator kinerja yang berbeda.