Karakteristik dari sistem Fuel Cell adalah tegangan yang dihasilkan akan semakin menurun jika terjadi pertambahan beban. Sehingga dibutuhkan penambahan pengendali agar PEMFC dapat menghasilkan tegangan ideal. Pada penelitian ini akan dievaluasi terhadap performansi dua tipe pengendali , model-based dan model-free control yang diaplikasikan pada sistem dinamik PEM Fuel Cell. Pengendali yang diaplikasikan akan menentukan besar aliran Hydrogen dan Oxygen yang tepat dan mengendalikan tegangan keluaran fuel cell agar menghasilkan karakteristik ideal dari sistem PEM Fuel Cell.