Permasalahan utama yang selalu muncul dari kegiatan buangan air hasil proses cooling water system adalah suhu air buangan dari sistem tersebut jauh lebih tinggi dari suhu lingkungan di sekitarnya. Suhu limbah air panas yang dihasilkan shippon well PLTU Jeneponto siang hari adalah 39.15ºC dan suhu pada outlet 37.43ºC. Suhu limbah air panas yang dihasilkan shippon well PLTU Jeneponto malam hari adalah 37.83ºC dan suhu pada outlet 36.03ºC. Suhu limbah air panas yang dihasilkan shippon well PLTU Takalar siang hari adalah 38.28ºC dan suhu pada outlet 37.48ºC. Suhu limbah air panas yang dihasilkan shippon well PLTU Takalar malam hari adalah 37.78ºC dan suhu pada outlet 37.13ºC. Suhu akhir instalasi saluran pendingin lebih tinggi dari suhu permukaan perairan normal yaitu 30ºC yang mengindikasikan instalasi saluran pendingin kurang efektif dalam menurunkan suhu.