Untuk mengetahui kinerja pelayanan dari suatu pelabuhan, perlu dilakukan suatu pengukuran semua kegiatan pelabuhan agar diperoleh suatu ukuran produk jasa semua komponen yaitu kinerja operasional pelabuhan yang dikelompokkan berdasarkan jenis layanan, terdiri dari kinerja pelabuhan yang terdiri dari Waktu Tunggu Kapal (Waiting Time), Waktu Tunggu Pelayanan Pemanduan Kapal (Approach Time) dan Berthing Time dibanding Effectife Time. Untuk mengukur nilai indikator tersebut, dibutuhkan data primer meliputi data waktu kapal mulai memasuki kolam pelabuhan sampai dengan kapal melepaskan kembali tali tambatan dari dermaga. Data pendukung lain diperoleh dari instansi teknis terkait sebagai data sekunder. Analisis kinerja dilakukan sesuai dengan pedoman Keputusan Direktur Jendral Perhubungan Laut khususnya Tentang Kriteria Kinerja Pelabuhan. Dari hasil analisis indikator tersebut dapat disimpulkan bahwa kinerja Pelabuhan Penumpang Penyeberangan Bajo’e dapat dikategori baik dari sisi kinerja dan pelayanan dan dari hasil perhitungan prediksi arus bongkar muat penumpang mengalami peningkatan sebesar 452,652 orang penumpang.