Ekstraksi konvensional yang selama ini dilakukan tidak lagi efektif karena menggunakan pelarut dengan volume besar, waktu lama dan perolehan hasil sedikit sehingga perlu dikaji ekstraksi alternatif lain, seperti ekstraksi menggunakan gelombang ultrasonik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis karagenan yang dihasilkan dari rumput laut jenis Eucheuma cottonii, menentukan kondisi operasi optimum ekstraksi dengan metode gelombang ultrasonik, mengetahui mutu karagenan hasil ekstraksi dengan metode gelombang ultrasonik.
Metode ekstraksi ultrasonik dilakukan pada frekuensi 40 kHz, pH 9 dan suhu 50oC dengan rasio rumput laut terhadap pelarut KOH 1:15, 1:20, 1:25, 1:30, 1:35, dan 1:40 (b/b) dengan waktu 30 menit dan waktu ekstraksi divariasikan 20, 25, 30, 35, 40, 45, dan 50 menit. Hasil ekstraksi disaring dan ekstraknya (filtrat) yang mengandung karagenan diendapkan dengan isopropil alkohol, kemudian didapatkan serat karaganan, setelah itu dikeringkan dan dilanjutkan dengan analisis mutu karagenan pada variasi waktu. Parameter mutu yang diuji meliputi kadar air, viskositas, dan kekuatan gel. Identifikasi karagenan dalam eksrak diuji gugus fungsinya dengan spektrofotometer inframerah Fourier Transform (FTIR).
Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa karagenan yang dihasilkan dari rumput laut jenis Eucheuma cottonii menunjukkan bahwa jenisnya adalah kappa karagenan dan kondisi operasi optimum ekstraksi dengan metode gelombang ultrasonik pada rasio rumput laut terhadap pelarut yaitu 1:30 (b/b), waktu 30 menit, suhu 50oC, daya getar medium dengan yield sebesar 65,06%. Mutu karagenan hasil ekstraksi menggunakan gelombang ultrasonik yang sesuai standar komersial karagenan adalah pada rasio rumput laut terhadap pelarut 1:30 (b/b), waktu 30 menit, suhu 50oC, daya getar high dengan kadar air sebesar 14,12%, viskositas 5,94 cP, dan yield sebesar 59,42%. kekuatan gel pada percobaan ini adalah 30,11 g/cm2, nilai ini tidak memenuhi standar karagenan komersial sebesar 685,50 ± 13,43.