Mikroorganisme merupakan makhluk hidup yang berukuran sangat kecil yaitu dalam skala micrometer atau micron (µ) atau sepersejuta meter dan tidak dapat dilihat dengan mata telanjang. Dalam percakapan sehari-hari atau untuk kepentingan praktis mikroorganisme sering disebut sebagai mikroba atau kuman. Untuk mempelajarinya diperlukan cara tertentu yaitu observasi mikroskopik dan biakan atau pure culture. Termasuk dalam golongan mikroorganisme adalah bakteri (eubactera, archaebacteria), fungi (yeasts, molds), protozoa, microscopic algae dan virus serta beberapa macam cacing (helmints). Ilmu yang mempelajari mikroorganisme disebut mikrobiologi. Ilmu mikrobiologi kedokteran mempelajari mikroorganisme sebagai penyebab penyakit infeksi, cara mendiagnosis, pengobatan, pencegahan dan pengendalian infeksi.