Ekstraksi Karaginan dengan metode konvensional yang dilakukan selama ini dirasa tidak lagi efektif dikarenakan proses ekstraksi yang lama serta banyaknya penggunaan pelarut namun hasil karaginan yang diperoleh sedikit. Salah satu solusi metode ekstraksi yang sekarang banyak digunakan adalah ekstraksi dengan bantuan gelombang mikro menggunakan microwave. Ekstraksi dengan bantuan gelombang mikro memungkinkan ekstraksi berlangsung lebih cepat dengan penggunaan suhu yang tidak terlalu tinggi.
Penelitian ini bertujuan untuk menentukan perlakuan terbaik ekstraksi dengan gelombang mikro yakni penentuan daya, perbandingan pelarut dengan rumput laut kering, suhu dan waktu ekstraksi dengan berdasar kepada %yeld dan mutu karagenan (Kadar air, viskositas dan kekuatan gel).
Berdasarkan hasil dan deskripsi kegiatan diketaui bahwa ekstraksi karaginan dari Eucheuma cottonii optimum pada daya high dengan perbandingan rumput laut kering dan pelarut 1:40. Kemudian, berasarkan variasi waktu dan suhu diperoleh hasil terbaik dari ekstraksi dengan %Yeld 27,72 adalah pada suhu 70 dengan lama ekstraksi 40 menit.